企業廠房里經常談論到節省成本的問題，其實在實驗室潔凈車間里存在很多可以節約能源的地方，例如暖氣、通風和空調（HVAC）、工藝制冷、壓縮空氣以及一些其他的設施。如果方法措施得當，將為企業節省不少運營成本。
   在新建或者改建工廠實驗室潔凈車間時，節能措施可以節約資金費用和建造時間。設計規劃報價可能比較昂貴，但是經濟翻新的可能性仍然存在。設備翻新的投資回收期不超過兩年，總體而言，在某種程度上投資收回率是較高的。
   設計建造施工實驗室潔凈車間，一般企業在設計和建造工廠時走捷徑，盡可能地壓縮前期投入，而不綜合考量后期運行費用。高能效率的設計和高能效率的設備，需要很大的前期投入。那種“小事情節約大事情浪費”的所謂捷徑和削減成本，會造成工廠的運行性能降低和能耗增加。高成效率地利用能源的例子特別多，浪費的能源可能比賣產品更能增加利潤，因為節約下來的費用在產品綜合效益中，馬上就能體現出來。
   嚴格控制實驗室潔凈車間的設計參數（潔凈度和溫濕度）和實驗室潔凈車間的面積，尤其是十級、百級這樣的高等級別，單向流潔凈無塵車間的面積。因為潔凈級別越高，溫濕度精度要求越高，單位面積能耗越大。
   嚴格控制實驗室潔凈車間的凈化送風量，不要留太大的系數。控制監督施工質量，減少潔凈室和管道的漏風量，加強保溫減少冷損失，提高設備效率盡量利用變頻措施以利節能。 嚴格控制新風量。盡量降低排風量，采取措施提高排風效果，降低排風量以減少新風空調處理的能耗。 加強管理潔凈無塵車間設備，減少跑、冒、滴、漏。充分利用熱回收和自然能源做為空調系統的預冷和預熱。
   實事求是該高則高，不要無原則地提高要求，實驗室潔凈車間的面積不要留太大余地。尤其是高等級的實驗室潔凈車間面積，盡量采用混合流以低級別代替高等級潔凈無塵車間。盡量縮小十級、百級單向流潔凈無塵車間的面積。